I likhet med NMJs så sker en neurotransmitter-receptorklustring. Denna klustring sker m a p transmittersubstans, d v s GABA- och glutamatreceptorer klustras under terminaler som frisläpper respektive transmittersubstans. Funktionellt analog med rapsyn är gephyrin. Denna substans som förekommer i glycinerga och och GABA-erga synapser länkar receptorer till underliggande cytoskelett.
Däremot föreligger en klar skillnad vad gäller synapsklyftan; centrala synapsklyftor har inget basalmembran och innehåller ej lamin eller kollagen i någon form. Pre- och postsynaptiska celler griper i stället tag i varandra direkt m h a olika adhesiva molekyler. in eller kollagen i någon form. Pre- och postsynaptiska celler griper i stället tag i varandra direkt m h a olika adhesiva molekyler.