Inverkan av jonkanalers molekylär struktur

Jonkanaler öppnar sig antingen helt eller så är de stängda; inga mellanlägen finns. Själva mekanismen bakom spänningsberoende gating för jonkanaler antas vara att en specifik del av dessa är laddad och rör sig. Det har visat sig att denna del är att en alfahelix S4 i var och en av de ingående domänerna innehåller laddade molekyler och därmed rör sig vid depolarisering och öppnar kanalen. Inaktiveringsmekanismen beror på att en kulliknande struktur, vilken sitter fast i kanalen med en snörliknande struktur, rör sig och täpper till kanalen.